Inicialmente el contenido del Museo se concretó en tres secciones Arqueología, Bellas Artes y Etnología. Pero está nunca se llego a instalar.
La sección de arqueología se sustenta en el rico pasado histórico de la provincia.
Entre sus colecciones La Zarcita y El Pozuelo, además de los materiales procedentes de la necrópolis orientalizante de La Joya, que el Museo anuncia como el mayor conjunto de arte suntuario de la protohistoria andaluza.
De interés excepcional son también los materiales de origen fenicio y griego documentado se las excavaciones del casco urbano de Huelva. La posición estratégica del puerto permitió que este punto se configura como un lugar donde se relacionaban gentes venidas de lugares muy diferente, en especial del extremo oriental del Mediterráneo .
De la época romana, destaca la escultura thoracata en mármol blanco encontrada en las minas de Tharsis y la noria de cangilones que nos recibe a la entrada, con iluminación LED, a fin de propiciar su conservación.
En la sección de Bellas Artes el Museo destacan -según la información del Museo- las obras de los artistas que están en el nacimiento y desarrollo de la escuela pictórica local desde poco antes de la fundación de la Academia oficial de pintura 1905, hasta la actualidad: Francisco Martínez Checa, Antonio de la Torre, Manuel Cruz Fernández, José Fernández Alvarado y José María Labrador. Realmente el atardecer en la ría de Huelva de Antonio de la Torre es espectacular.
Por último los dos creadores onubenses de mayor proyección internacional Daniel Vázquez Díaz y José Caballero. sobresale óleos como la muerte del torero, donde en 1912 Vazquez hace una perfomance con los “señoritos” que quieren ser retratados
